Khafra là con trai của vua Khufu, ông còn là em trai cũng như là người kế vị của vua Djedefre[3]. Một số nhà nghiên cứu cho rằng Khafra là con của Nữ hoàng Meritites I nhờ vào một bản khắc đá mà trong đó ông được cho là đã tôn vinh bà.

Người vợ của đức vua, tình yêu của ngài, hiến dâng cho Horus, Mertitytes.
Người vợ của đức vua, tình yêu của ngài, Mertitytes; Tình yêu của Người được Hai nữ thần yêu mến; Bất cứ điều gì bà nói ra thì điều đó đều được làm vì bà. Vĩ đại thay sự che chở của Snefr [u]; Vĩ đại thay sự che chở của Khufu [u], hiến dâng cho Horus, dưới sự tôn kính của Khafre. Merti [tyt] es.

Những người khác thì lại cho rằng những dòng chữ khắc trên chỉ cho thấy rằng vị hoàng hậu này đã qua đời dưới triều đại của Khafre.[4] Thay vào đó, Khafre có thể là con trai của Nữ hoàng Henutsen[5].

Khafra đã có một vài người vợ và ít nhất ông đã có 12 người con trai và 3 hoặc 4 người con gái.

• Nữ hoàng Meresankh III là con gái của Kawab và Hetepheres II, do đó bà là cháu gái của Khafra. Bà còn là thân mẫu của những người con trai có tên là Nebemakhet, Duaenre, Niuserre và Khentetka, và một người con gái có tên là Shepsetkau.
• Nữ hoàng Khamerernebty I là thân mẫu của Menkaure và chính cung hoàng hậu của ông ta là Khamerernebty II.
• Hekenuhedjet là một người vợ của Khafra. Bà được nhắc tới trong ngôi mộ của người con trai tên là Sekhemkare.
• Persenet có thể đã là một người vợ khác của Khafra dựa vào địa điểm lăng mộ của bà. Bà là thân mẫu của Nikaure[3].

Một số người con khác của Khafra cũng được biết rõ, nhưng hiện lại không xác định được danh tính thân mẫu của họ. Những người con trai khác của ông bao gồm Ankhmare, Akhre, Iunmin, và Iunre. Hai người con gái khác của ông có tên là Rekhetre và Hemetre[3].